Covid-19: o que há de novo nos protocolos para o diagnóstico molecular (RT-PCR)?

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Para o diagnóstico dos pacientes com infecção ativa pela Covid-19, o teste recomendado e considerado o método padrão-ouro por diversas entidades, em virtude de sua alta sensibilidade e especificidade para a fase aguda, é aquele que se baseia na reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real.

Diversos protocolos foram desenvolvidos, e estão disponíveis para os Laboratórios Clínicos e de Pesquisa para o diagnóstico molecular utilizando a RT-PCR. O primeiro protocolo disponibilizado e validado pela Organização Mundial da Saúde (OMS), e ainda um dos mais utilizados atualmente, foi o desenvolvido pelo Instituto de Virologia Charité, da Universidade de Berlim, Alemanha.

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O protocolo Charité e suas novas recomendações

Como originalmente recomendado, a confirmação do diagnóstico se baseava na detecção de dois alvos diferentes do genoma do SARS-CoV-2 (gene E e gene RdRP). O gene E é um teste específico para a identificação de vírus do subgênero Sarbecovirus (ex.: SARS-CoV, alguns vírus de morcegos, e o próprio SARS-CoV-2). Já o teste RdRP com a sonda específica (P2) é capaz de detectar exclusivamente o SARS-CoV-2.

O gene E era utilizado para a triagem, com uma confirmação posterior através da detecção do gene RdRP. Somente quando os dois alvos eram identificados, a amostra era considerada positiva.

Tendo em vista que o único vírus do subgênero Sarbecovirus que apresenta, atualmente, circulação entre humanos, é o vírus da Covid-19, a amplificação isolada do gene E confirma o seu diagnóstico. Dessa maneira, um algoritmo simplificado pode ser utilizado de rotina, permitindo assim uma otimização dos processos, redução de custos e aumento da capacidade laboratorial.

Os dois alvos (gene E ou gene RdRP) podem ser utilizados isoladamente para a confirmação laboratorial, porém, verificou-se uma maior sensibilidade quando utilizado o gene E.

Interpretação e possíveis causas de resultados falso negativos

Devido à alta especificidade da RT-PCR, o valor preditivo positivo (VPP) do teste é muito elevado, fazendo com que, na prática, os resultados positivos confirmem a detecção do vírus (ou de partículas do mesmo).

Entretanto, um resultado negativo não exclui totalmente a possibilidade da infecção, já que a o resultado da RT-PCR pode ser afetado por inadequações na fase pré-analítica (ex.: coleta, armazenamento, transporte da amostra). Oscilações da carga viral, concentrações baixas do vírus (ex.: coleta precoce ou tardia), a presença de inibidores de PCR no RNA extraído e, até mesmo, eventuais mutações nos genes alvo podem explicar um resultado negativo em um indivíduo infectado.

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Mensagem prática

A nova recomendação da Organização Pan-Americana da Saúde (OPAS), sugerindo a utilização de apenas um gene alvo (preferencialmente o gene E), veio ao encontro da necessidade de ampliação da testagem molecular, devido a um aumento da sua demanda global.

O novo algoritmo irá impactar diretamente na redução de custos para a realização da RT-PCR, o que pode facilitar e ampliar o acesso dos pacientes ao teste para detecção da infecção por Covid-19, especialmente no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS).

Referência Bibliográfica:

• Pan American Health Organization (PAHO). Laboratory Guidelines for the Detection and Diagnosis of COVID-19 Virus Infection [Internet]. Disponível em: https://iris.paho.org/handle/10665.2/52458. (Acessado em 28/09/2020).